2015年6月18日，《自然》杂志发布2015年全球自然指数（2015 Nature Index）。此次发布的2015全球自然指数涵盖了2014年1月1日至12月31日发表在68种世界一流科研期刊上的57501篇论文。其中，中国科学院仍然是自然指数中位列全球第一的科研机构。
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; R9 a4 d% A4 c! e$ g: H) ` g 消息一出，不少人对此产生质疑。因为根据“自然”网站公布的2013年的自然出版指数（NPI）显示，中国科学院位列全球第六，相关计数值（CC，corrected count）不到哈佛大学的一半。仅仅一年，中科院就远远超越了哈佛大学，稳居世界第一，这的确让人有点匪夷所思。5 X, F1 B1 v" }
- c; e! ^" l0 W$ C/ J 对此，观察者网进行了查询，原来在2014年，《自然》杂志对这一指数进行了修正。《自然》杂志将统计指数名称从NPI（nature publishing index，自然出版指数）改成了NI（nature index，自然指数）。统计的收录论文的期刊也从18本扩展到了68本。
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2014年12月，《自然》杂志首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数（Nature Index），对2013年的相关数据重新进行统计。结果，在全球前200名科研机构中，中国科学院自然指数排名第一。
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由于，中科院在《自然》杂志上发表的文章较少，但在其他杂志上发表了不少论文。因此在NPI排名中的位次较低。在对指数进行修正以后，中科院的排名大大提升。
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9 ?# b) @* x+ |+ J% z8 F 根据“加权分值计数法”，若每篇科学论文的作者数为N，则将每一位作者对该篇论文的贡献记作“1/N”分，而不是都记为“1”分，同时考虑了不同学科之间的权衡问题，将学科优势和研究成果纳入分析中，因此更能反映一个作者、机构和国家对世界科学的贡献率。$ K; d( F) e9 C% o
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根据加权分数式计量，中国位列第二，仅次于美国。中国的 WFT 从 2013 年到 2014 年增长了 16%。自然指数显示，中国最主要的论文合作国家是美国、英国和德国。本地区位居前五的机构中，中科院的论文合作比例最低，北京大学最高。+ e1 v" \1 @, |5 H
, Q+ l+ e# D. n( c9 |4 h- v 英国著名杂志《自然》是世界上最早的国际性科技期刊，也是国际最权威的科学杂志之一，自1869年创刊以来，《自然》杂志每年都会以前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。
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“自然出版指数”（NPI）是根据各科研机构与高校在《自然》和其他17本自然系列研究期刊上出版的文章数计算，常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。该指数每月更新一次，记录过去12个月内发表的文章数据。
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NPI依据的18本期刊如下：
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Nature Biotechnology
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Nature Chemistry W% A" E7 D% v$ a) ^. k0 I
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Nature Climate Change4 b9 T* r0 a+ Q- F9 T+ ^
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Nature Communications
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4 B, {: g+ A: Y! g7 [* H/ _, j Nature Medicine9 X0 Y# H% ^$ C4 w
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Nature Materials* h/ b( e2 R5 }* ?( e
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2 w/ v+ e* c+ ^ \+ b9 b1 Z B5 V Nature Neuroscience
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Nature Nanotechnology0 {- [+ n! N% V/ t8 j' |0 d: a
* r7 m* [4 r2 Y7 b% p Nature Photonics
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4 B5 A& E" Y3 m% m Nature Physics
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$ j8 I# u+ ~. t1 ]4 d5 j& V 而“自然指数”（NI）是衡量国家与科研单位（大学）科研水平的新的指标，“自然指数”的依据是包括《自然》、《细胞》、《科学》在内的68家期刊。 68家期刊，是因为Nature集团基于学界的评价，把它们看成是科学界各学科最好的学术期刊，有人甚至认为，没有在这些期刊经常发表文章，就等于远离前沿，而且对你单位的学术影响力（“自然指数”）亦就没有贡献。 o; `7 z5 p/ P
& u. q+ h+ e) a' Y NI依据的68本期刊如下：
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American Journal of Human Genetics) R% v4 B7 ]; n1 N
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Astronomy & Astrophysics
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Cell Host & Microbe
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Cell Stem Cell
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Chemical Communications
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Chemical Science4 |3 y( o9 ^7 A" w5 h/ }. ?
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Developmental Cell! N* M( [4 ~! I) F* b& W d0 D
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2 E' H9 w8 g+ H: q" F+ R Ecology Letters
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Geology6 l( z5 @4 r% g' Z* [
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Immunity
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Inorganic Chemistry! Q( G; T5 }( _. U0 s
4 v4 e0 I) c: q. p- B& u9 p2 ?( K
Journal of Biological Chemistry
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& j& a$ A: d i+ O- c
Journal of Geophysical Research: Atmospheres
6 h* u1 l/ J5 m1 g5 v( q% f$ P) j/ h/ ^) F, h8 D8 t! Q T- V, N' O
Journal of Geophysical Research: Oceans
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Journal of the American Chemical Society/ ]! g3 `$ H U2 D0 Q/ a5 r. U
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Molecular Cell
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Nano Letters
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Nature （《自然》）
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Nature Biotechnology
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Nature Chemical Biology
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Nature Geoscience
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Nature Neuroscience, ?1 b$ h, i9 N# ], r) Y, h
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Nature Photonics
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Nature Physics
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, c9 N1 z3 |, ? Nature Structural & Molecular Biology
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Organic Letters( |+ U) {3 V8 X
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Physical Review B4 I- g( I* Z, ]" T7 h; }. }) \. c* E
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Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America+ L. B% n$ z* d2 m
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Science （《科学》）
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The EMBO Journal/ A: C. p3 g, U4 f
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The Journal of Physical Chemistry Letters( p }% q) j) ]
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