2015年6月18日，《自然》杂志发布2015年全球自然指数（2015 Nature Index）。此次发布的2015全球自然指数涵盖了2014年1月1日至12月31日发表在68种世界一流科研期刊上的57501篇论文。其中，中国科学院仍然是自然指数中位列全球第一的科研机构。
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消息一出，不少人对此产生质疑。因为根据“自然”网站公布的2013年的自然出版指数（NPI）显示，中国科学院位列全球第六，相关计数值（CC，corrected count）不到哈佛大学的一半。仅仅一年，中科院就远远超越了哈佛大学，稳居世界第一，这的确让人有点匪夷所思。
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$ O% V6 U) D7 I9 ~) U 对此，观察者网进行了查询，原来在2014年，《自然》杂志对这一指数进行了修正。《自然》杂志将统计指数名称从NPI（nature publishing index，自然出版指数）改成了NI（nature index，自然指数）。统计的收录论文的期刊也从18本扩展到了68本。3 ?# z' S# e' \% [# d
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2014年12月，《自然》杂志首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数（Nature Index），对2013年的相关数据重新进行统计。结果，在全球前200名科研机构中，中国科学院自然指数排名第一。& o' ^3 ?, U( A
0 X( E x$ u/ c, D; S: e
6 w$ ?0 w( {( O4 n0 S
9 K- v0 {: E, J
7 P" K8 O1 [: N+ Q' b9 w& }8 q- a 由于，中科院在《自然》杂志上发表的文章较少，但在其他杂志上发表了不少论文。因此在NPI排名中的位次较低。在对指数进行修正以后，中科院的排名大大提升。
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- y2 Z5 A# t! P( c! U4 z; H. [- V 根据“加权分值计数法”，若每篇科学论文的作者数为N，则将每一位作者对该篇论文的贡献记作“1/N”分，而不是都记为“1”分，同时考虑了不同学科之间的权衡问题，将学科优势和研究成果纳入分析中，因此更能反映一个作者、机构和国家对世界科学的贡献率。/ A2 q" j' E8 v5 U# }- J. R
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根据加权分数式计量，中国位列第二，仅次于美国。中国的 WFT 从 2013 年到 2014 年增长了 16%。自然指数显示，中国最主要的论文合作国家是美国、英国和德国。本地区位居前五的机构中，中科院的论文合作比例最低，北京大学最高。+ C+ v( S3 _: e: Z+ h5 u
1 x4 W. R, A3 F3 f8 c* V' T0 V
英国著名杂志《自然》是世界上最早的国际性科技期刊，也是国际最权威的科学杂志之一，自1869年创刊以来，《自然》杂志每年都会以前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。
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“自然出版指数”（NPI）是根据各科研机构与高校在《自然》和其他17本自然系列研究期刊上出版的文章数计算，常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。该指数每月更新一次，记录过去12个月内发表的文章数据。4 Z0 x1 H4 v: \
; l3 g3 @' m( p) g* Z8 P* @ NPI依据的18本期刊如下：( N) ~6 I& e7 y
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Nature: {/ V5 O2 V }( v
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" Q: z& C4 ~8 W' w; p Nature Geoscience$ T! S @3 q4 y5 g/ P
0 j4 n" o+ V7 }3 V" P Nature Immunology: E* A) t4 Z6 A6 w" [
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Nature Neuroscience
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Nature Photonics- j$ k1 K3 X V; c
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Nature Physics
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Nature Structural & Molecular Biology! C8 M8 t4 O3 h7 k/ x2 d
3 N8 @8 A8 d0 W ?* f' n, Q
而“自然指数”（NI）是衡量国家与科研单位（大学）科研水平的新的指标，“自然指数”的依据是包括《自然》、《细胞》、《科学》在内的68家期刊。 68家期刊，是因为Nature集团基于学界的评价，把它们看成是科学界各学科最好的学术期刊，有人甚至认为，没有在这些期刊经常发表文章，就等于远离前沿，而且对你单位的学术影响力（“自然指数”）亦就没有贡献。
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NI依据的68本期刊如下：7 u6 E8 b2 V8 C' m. h
1 M7 ^5 l8 g6 W e Advanced Materials8 f0 A8 u3 ?# L- [5 _$ c
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Chemical Communications
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Ecology u& O R4 `* B8 E
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