2015年6月18日，《自然》杂志发布2015年全球自然指数（2015 Nature Index）。此次发布的2015全球自然指数涵盖了2014年1月1日至12月31日发表在68种世界一流科研期刊上的57501篇论文。其中，中国科学院仍然是自然指数中位列全球第一的科研机构。
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, n8 h; C" G$ e0 r' [% k; X 消息一出，不少人对此产生质疑。因为根据“自然”网站公布的2013年的自然出版指数（NPI）显示，中国科学院位列全球第六，相关计数值（CC，corrected count）不到哈佛大学的一半。仅仅一年，中科院就远远超越了哈佛大学，稳居世界第一，这的确让人有点匪夷所思。3 l& l- q z3 [. b& s2 r, ~6 i* H
% h9 B, l5 D$ D: h
对此，观察者网进行了查询，原来在2014年，《自然》杂志对这一指数进行了修正。《自然》杂志将统计指数名称从NPI（nature publishing index，自然出版指数）改成了NI（nature index，自然指数）。统计的收录论文的期刊也从18本扩展到了68本。8 O* w+ W7 y" z$ z9 ?- [
/ g2 Y; h3 P% d$ l8 P6 Z9 { 2014年12月，《自然》杂志首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数（Nature Index），对2013年的相关数据重新进行统计。结果，在全球前200名科研机构中，中国科学院自然指数排名第一。
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由于，中科院在《自然》杂志上发表的文章较少，但在其他杂志上发表了不少论文。因此在NPI排名中的位次较低。在对指数进行修正以后，中科院的排名大大提升。
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根据“加权分值计数法”，若每篇科学论文的作者数为N，则将每一位作者对该篇论文的贡献记作“1/N”分，而不是都记为“1”分，同时考虑了不同学科之间的权衡问题，将学科优势和研究成果纳入分析中，因此更能反映一个作者、机构和国家对世界科学的贡献率。
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根据加权分数式计量，中国位列第二，仅次于美国。中国的 WFT 从 2013 年到 2014 年增长了 16%。自然指数显示，中国最主要的论文合作国家是美国、英国和德国。本地区位居前五的机构中，中科院的论文合作比例最低，北京大学最高。7 e w/ Y! ]/ `$ q9 [8 `) s
4 F$ Y+ p8 H: I, A- E 英国著名杂志《自然》是世界上最早的国际性科技期刊，也是国际最权威的科学杂志之一，自1869年创刊以来，《自然》杂志每年都会以前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。2 h' D* h+ o, x1 P
" u; ?# G: I, |1 z `( O “自然出版指数”（NPI）是根据各科研机构与高校在《自然》和其他17本自然系列研究期刊上出版的文章数计算，常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。该指数每月更新一次，记录过去12个月内发表的文章数据。
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7 e1 @( A4 S, `- x+ `# A1 t NPI依据的18本期刊如下：
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Nature
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; P+ B% Z0 _! [% l, U! i; t( O+ O3 \1 W* T, z
Nature Genetics: N b4 }, \& d% P/ i0 O
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Nature Materials( J0 j$ |- o- w8 W* X
, y1 E4 O, F7 c, _ Nature Methods
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Nature Neuroscience9 ^! f& s, @9 H) W& k# S
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Nature Nanotechnology0 ^+ ?. f# E# ~# O5 N
9 N- c* o9 W7 Q9 i3 m, B0 w Nature Photonics: g5 R/ X: y4 m1 v
5 e% y( h* j T, I/ l: {5 ` Nature Physics, n* `9 D# I" n0 u: _, j& v2 d
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而“自然指数”（NI）是衡量国家与科研单位（大学）科研水平的新的指标，“自然指数”的依据是包括《自然》、《细胞》、《科学》在内的68家期刊。 68家期刊，是因为Nature集团基于学界的评价，把它们看成是科学界各学科最好的学术期刊，有人甚至认为，没有在这些期刊经常发表文章，就等于远离前沿，而且对你单位的学术影响力（“自然指数”）亦就没有贡献。
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NI依据的68本期刊如下：
2 n9 ` N4 O* n: a
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/ f" x3 @! I* t9 J. U" _& ?" R
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5 c* `$ R2 N& j0 a' j
9 ^3 o4 \+ V4 x Analytical Chemistry2 @! \! v6 h2 m, h! o
2 X& o2 P) M8 T, u2 a% L8 z: H4 B Angewandte Chemie International Edition
' u$ F2 M$ I. L2 p0 M) g
' m, {# _+ V3 e3 g Applied Physics Letters' `* ~7 \' u) t |9 J, O0 B
9 l( Z9 |% K0 p: t3 d
Astronomy & Astrophysics$ x4 \4 _- W; T8 g5 U8 P$ J8 R
+ E/ y1 e4 ]5 d( s; ? Cancer Cell
: b2 b7 d4 D; H$ a; b6 j" ^( N9 X8 S5 |2 O8 _* r1 {) R* V
Cell（《细胞》）- \ r: `$ T6 d- ?/ k/ X
- N2 w, [2 ~$ w b$ _: ~- w
Cell Host & Microbe- g* Y. B! W1 ^: p* Q" o
. P1 Y" y2 G c6 I0 e Cell Metabolism
# S- O" n& ~: K8 G: n" n& P
7 V2 M/ S0 {" C9 T" | Cell Stem Cell
3 W, k, y2 Z! O* }" P( E5 Y& U1 X$ s' [+ z
Chemical Communications
- j' M" {5 D9 C3 O2 V! O& T
8 }5 ^- K2 J7 b: J0 E; D Chemical Science
/ t8 a8 ~3 k/ L$ X
. [) F) @1 ]4 x' E Current Biology
6 J1 S. u- s- c$ w+ @' }5 N' g B+ Q% y: J
Developmental Cell
3 b/ `! U3 G( P$ d! w
`! z x& ?2 b7 O4 f$ {$ R Earth and Planetary Science Letters& R! A/ q0 C' I" u1 B2 N! z
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7 l: C* Y2 o: i8 I9 o
Ecology Letters/ @$ F/ r C- U8 T5 j
: _9 T/ Z8 k( {4 e- J European Physical Journal C
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Genes & Development
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Genome Research
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$ R) F# D# `% y- [( W Geology% y+ o1 Y8 P! n$ }+ F
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4 P* {3 w' b9 @( w+ B9 F% h
Inorganic Chemistry
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Journal of Biological Chemistry
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Journal of Cell Biology2 U+ r. O8 A! ^) ~3 g0 ^5 B
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Journal of Clinical Investigation2 q# v$ y% D0 j6 x6 j
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Journal of Geophysical Research: Atmospheres
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Journal of Geophysical Research: Oceans8 y O: Y) F/ q. i: F. o
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Journal of High Energy Physics
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Journal of Neuroscience( i$ E' J) s+ k% Y
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Journal of the American Chemical Society+ S9 G+ c9 A/ i! {: j: o9 r; \
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Nature Genetics
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7 Q9 Q3 T9 {! I( Y9 |/ [' X
Nature Immunology
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Nature Materials
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Nature Medicine: H& E$ A/ F' U1 `( k/ [0 M9 ?4 [
1 b: Y/ @ \7 [) V1 ?4 T
Nature Methods
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# L: \0 {# S; M Nature Structural & Molecular Biology
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Neuron& ]5 y' r) ^$ w) ?5 Y6 m
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