2015年6月18日，《自然》杂志发布2015年全球自然指数（2015 Nature Index）。此次发布的2015全球自然指数涵盖了2014年1月1日至12月31日发表在68种世界一流科研期刊上的57501篇论文。其中，中国科学院仍然是自然指数中位列全球第一的科研机构。
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( u: H) H% [, ]' L7 G 消息一出，不少人对此产生质疑。因为根据“自然”网站公布的2013年的自然出版指数（NPI）显示，中国科学院位列全球第六，相关计数值（CC，corrected count）不到哈佛大学的一半。仅仅一年，中科院就远远超越了哈佛大学，稳居世界第一，这的确让人有点匪夷所思。) Y* T% W, {9 H- k' [# l
2 c/ |0 B1 U4 _0 H 对此，观察者网进行了查询，原来在2014年，《自然》杂志对这一指数进行了修正。《自然》杂志将统计指数名称从NPI（nature publishing index，自然出版指数）改成了NI（nature index，自然指数）。统计的收录论文的期刊也从18本扩展到了68本。
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2014年12月，《自然》杂志首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数（Nature Index），对2013年的相关数据重新进行统计。结果，在全球前200名科研机构中，中国科学院自然指数排名第一。
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7 j+ \: K' R# D1 F& n* B0 N8 t% {- u4 O3 b6 A4 L/ F
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9 h3 Y. a+ _* e8 l4 H 由于，中科院在《自然》杂志上发表的文章较少，但在其他杂志上发表了不少论文。因此在NPI排名中的位次较低。在对指数进行修正以后，中科院的排名大大提升。+ p, W8 @8 `) I; `' |6 t6 V
" K& P) i5 R+ t U7 \8 J
根据“加权分值计数法”，若每篇科学论文的作者数为N，则将每一位作者对该篇论文的贡献记作“1/N”分，而不是都记为“1”分，同时考虑了不同学科之间的权衡问题，将学科优势和研究成果纳入分析中，因此更能反映一个作者、机构和国家对世界科学的贡献率。
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根据加权分数式计量，中国位列第二，仅次于美国。中国的 WFT 从 2013 年到 2014 年增长了 16%。自然指数显示，中国最主要的论文合作国家是美国、英国和德国。本地区位居前五的机构中，中科院的论文合作比例最低，北京大学最高。8 B- o Q1 C: x( A. z; z( b6 J! y
9 C, G5 b# r1 h: V9 B! r 英国著名杂志《自然》是世界上最早的国际性科技期刊，也是国际最权威的科学杂志之一，自1869年创刊以来，《自然》杂志每年都会以前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。
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“自然出版指数”（NPI）是根据各科研机构与高校在《自然》和其他17本自然系列研究期刊上出版的文章数计算，常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。该指数每月更新一次，记录过去12个月内发表的文章数据。0 w5 }$ w" j3 Q& W! q( Z
0 z% \& U1 m( N/ P/ d6 ]% x NPI依据的18本期刊如下：1 P% j( k# E" M2 G1 K
" n# @. l# o0 P7 O* y Nature9 T+ f; `: \7 H
5 L) }5 X5 ?: _
Nature Biotechnology
2 W, _; `- T. A/ d* h# j! X f# V5 r9 a. n5 B# H6 M
Nature Cell Biology& X- O9 z; A7 z# g
T: `7 t7 V b {! _
Nature Chemistry' N' j# f8 O( ^; r1 I% u! B
7 A: q( [2 a, V7 H& `* ^ Nature Chemical Biology
: @ e& J' |- ^( j% d8 M% t5 k5 g- o. O
Nature Climate Change) m: g4 m4 E4 C- ]& {+ n2 z: `8 r9 M
" D; m! X9 S" V: e- b! J2 D Nature Communications
4 p8 X3 w8 S) l' f
1 S6 ~. k% Y9 F: v9 Y Nature Genetics5 m( \3 \+ p* G/ P
: o$ ]0 T2 e) Z* k/ K- P
Nature Geoscience/ n! ?( r# c, o8 }
; q6 N" k! Y2 a) H I
Nature Immunology
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# _ F8 m3 }, V, }' g4 X Nature Medicine
8 {' A4 j I. g; y B# Y8 g3 \+ M& `" S
Nature Materials7 K3 c# }) h3 O3 J% m
5 Z N) \5 Z- X
Nature Methods# y& e% J% f. L/ B
j, i7 b& X( }/ ]( Q/ T( z, X
Nature Neuroscience
" F% |# V2 r9 s/ e8 ~# }
% k x: Z# K; l* V+ w2 Y Nature Nanotechnology
; [$ ~+ d" M% O$ a, p N4 }+ E+ G* i- N! A2 ~$ E/ v! V1 R6 X
Nature Photonics; }% H6 y% o+ N9 L+ K* X1 s
3 O5 F1 @7 J" A/ `1 k" ?2 T
Nature Physics0 }$ P& J) _! j: F+ O, _
K. N: M! k. d: P% H- y& L7 W
Nature Structural & Molecular Biology
7 G; a0 e, n- u2 c1 Z9 w7 e" D6 G) {0 {8 `* `( f
而“自然指数”（NI）是衡量国家与科研单位（大学）科研水平的新的指标，“自然指数”的依据是包括《自然》、《细胞》、《科学》在内的68家期刊。 68家期刊，是因为Nature集团基于学界的评价，把它们看成是科学界各学科最好的学术期刊，有人甚至认为，没有在这些期刊经常发表文章，就等于远离前沿，而且对你单位的学术影响力（“自然指数”）亦就没有贡献。# k0 m9 Y& z# |3 ^9 ?. j
, s' Y6 g& j! m# b, i: g
NI依据的68本期刊如下：
9 j8 C* t6 e; p( [! X2 h' u/ F. D8 l" a) h9 E
Advanced Materials* P' k! Y" V9 M9 ]) E
4 D v4 C a8 D' g/ R( H
American Journal of Human Genetics
" z+ Y+ Y( w# M+ _$ D6 q
. U9 ^+ J# V& F0 \" h l2 h Analytical Chemistry
x8 n6 G( {% \( B
$ q9 p, R/ I8 |* o- B* O Angewandte Chemie International Edition7 a/ b9 k$ I" t% e* S
: ^# ~! e4 ~( j. K" a& f
Applied Physics Letters+ M! D6 q, R, C; S) A
! ]: H o" n8 L6 M9 a% b Astronomy & Astrophysics- {% o. U. @6 V% a4 }
" a W0 I+ q6 h! T8 N& T m9 C
Cancer Cell
2 P! T2 e! u( i8 k
4 @( ?3 I- V) }: s. y+ M Cell（《细胞》）
* n, t& b- S9 ?/ e+ `7 A
# q1 P7 S! _' M2 k5 J9 K; ^ Cell Host & Microbe
6 G5 I; `0 h: ?( ?' d" e' k m3 d* {
) u. i5 z6 Q; U! I$ l5 Y Cell Metabolism3 s! Q3 p9 W2 n5 C3 Z
4 f/ \- I- |, i0 f' e" `% ~- ?
Cell Stem Cell* O$ H; R; l1 n+ P
- \1 c4 ~7 G9 y; e Chemical Communications* z& q4 G5 U5 y* q
- {. |# ~, X5 u) ]& u! |
Chemical Science
/ {% n2 }2 T( V2 r
% ~; ^# x/ |4 K1 N3 E4 C Current Biology
8 C: d, v! G. [1 ^4 Y# T, }; e: H1 y# y$ ]9 @$ I' o" M8 n
Developmental Cell+ K+ P, o6 R: |! z+ q
, R; B1 W& _8 Q2 u8 C5 p! R Earth and Planetary Science Letters% J7 X- h* S3 E* Q% K
6 ^0 R) O' N V8 l Ecology
. o9 ^/ R) c9 ~2 x4 H F4 [$ b4 _2 {" \' d0 e$ Z& ]) i- O
Ecology Letters9 o% @, W: g8 c* E0 W
+ [+ R; M4 c4 u- S6 ?# ` _ European Physical Journal C
T' |& f/ z3 [( s6 z3 i' s) H2 n( F" h g$ K8 D3 U; x
Genes & Development+ e2 |+ N* F1 l5 u% v z
- V: U* J4 G% `- U W0 }( c Genome Research
# v" y/ ?0 T/ k2 Q3 Q7 G7 W$ k, i$ ]
Geology x* l, p. `( q
( ^! `$ r [4 z: i# |/ f Immunity5 ^' w8 }0 F5 H) H
% _7 q& M* y1 _8 [- O0 ~8 p! Y
Inorganic Chemistry/ F9 N& p! P- G! X
; Z% T P( ?! T& P1 p2 t# P
Journal of Biological Chemistry
' s9 _+ R0 |7 y* Z. v/ D8 R4 O+ Q+ Z7 N$ |( \) H! q
Journal of Cell Biology2 h; L8 a' D/ ~: |/ S3 E
1 K4 m2 M7 M |, e7 G
Journal of Clinical Investigation' T- j) N' v# _1 O) y* O8 q: _
9 Y$ D5 ^. L7 b
Journal of Geophysical Research: Atmospheres
c' k* X% d- M9 f x6 p! t# Z( Q( n# P4 @6 L
Journal of Geophysical Research: Oceans
7 e& n( u2 o' K
4 n6 Z4 Z# J3 b ]- {. Z Journal of Geophysical Research: Solid Earth
0 \- s' d' n$ T E" l: h- z' _& x; e! G
Journal of High Energy Physics. R* i# k! P1 d* z4 l
2 l, G) V F* h* P Journal of Neuroscience
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- @, q& Q0 L/ B Journal of the American Chemical Society, Q, J" r" |. D
- j; O$ c- i+ s
Molecular Cell& \' ]7 }0 U! f7 E! v; O- N/ B
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2 E w2 I h/ n3 }
Nano Letters
4 V1 h2 S0 i- n; R' g2 N# D. D% J
Nature （《自然》）6 g& C: Y8 m9 \+ a
/ W, J) E( W% L3 r' ?- J Nature Biotechnology
7 h: i3 b; o0 F
, v5 ^, b1 m" o1 O! q Nature Cell Biology- `0 M' R6 z7 o2 U" o/ X- z
) k8 L* g" t8 E' @0 B* W Nature Chemical Biology8 P, I" M- Y, ^2 X
4 P0 s2 m' S7 ~" b; W% b
Nature Chemistry
0 P% l$ v' H. e6 B* Z# ~' F* W9 n. b$ f+ H& F
Nature Communications4 R. Q* Q2 j, [0 w; a
# L' G K. |, [3 L6 ~2 P s6 q2 K3 E Nature Genetics
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2 n, a+ t) B4 W Nature Geoscience; {5 W) `# Z* ?: a: H$ x. k+ p
: y5 L4 n [. c Nature Immunology4 {2 g$ y+ K$ d* y" @1 z
! p" M7 c; r. c b4 T0 s Nature Materials9 n9 P" ~9 W2 T" U k. P
. e% T% ?; }1 u% v6 X
Nature Medicine3 y+ _8 _8 ~2 f E
$ `! S2 r% j4 r) ]" f' c
Nature Methods2 W7 A- m }1 ]6 {9 }* @$ _+ h$ i$ \8 |
% m0 Y' H: S5 {
Nature Nanotechnology4 s, ]% ], o# a
- P9 N2 D5 ?% d+ ]2 C* A: W Nature Neuroscience
4 d8 I8 B& I5 b5 @1 A
6 C, ^# m" ` P C+ V; G) @ Nature Photonics- B6 ^- J2 N. e1 D/ n
: `2 X- o1 C7 i& p( A. f0 J
Nature Physics0 L4 i# X! H, P
/ ?, E- \2 u) D5 Z8 w! d1 k Nature Structural & Molecular Biology
6 W4 |( F: X/ h" ?8 f) B! o& B) W* `' n* K& R$ c, v0 f6 m8 `
Neuron
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Organic Letters
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PLOS Biology6 y3 x( n) j5 m; B
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" R6 e, L3 h) m- N Physical Review B
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The Astrophysical Journal Supplement
3 T. S9 \7 A1 \; D% s) Q9 @9 d0 G+ ]/ V$ k% Y( u
The EMBO Journal
; {* O8 |. @) B; W/ ?/ t
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+ n. W+ C" h$ H' Y( q/ x/ M, `5 D8 J' w7 Q+ v5 ?6 J7 `
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