2015年6月18日，《自然》杂志发布2015年全球自然指数（2015 Nature Index）。此次发布的2015全球自然指数涵盖了2014年1月1日至12月31日发表在68种世界一流科研期刊上的57501篇论文。其中，中国科学院仍然是自然指数中位列全球第一的科研机构。
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消息一出，不少人对此产生质疑。因为根据“自然”网站公布的2013年的自然出版指数（NPI）显示，中国科学院位列全球第六，相关计数值（CC，corrected count）不到哈佛大学的一半。仅仅一年，中科院就远远超越了哈佛大学，稳居世界第一，这的确让人有点匪夷所思。
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对此，观察者网进行了查询，原来在2014年，《自然》杂志对这一指数进行了修正。《自然》杂志将统计指数名称从NPI（nature publishing index，自然出版指数）改成了NI（nature index，自然指数）。统计的收录论文的期刊也从18本扩展到了68本。8 ]5 l4 i# j H: z, q D4 j- H
; A1 p0 G; S) C* c- H 2014年12月，《自然》杂志首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数（Nature Index），对2013年的相关数据重新进行统计。结果，在全球前200名科研机构中，中国科学院自然指数排名第一。
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由于，中科院在《自然》杂志上发表的文章较少，但在其他杂志上发表了不少论文。因此在NPI排名中的位次较低。在对指数进行修正以后，中科院的排名大大提升。
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( R F3 Y& O7 A- ^- `7 l 根据“加权分值计数法”，若每篇科学论文的作者数为N，则将每一位作者对该篇论文的贡献记作“1/N”分，而不是都记为“1”分，同时考虑了不同学科之间的权衡问题，将学科优势和研究成果纳入分析中，因此更能反映一个作者、机构和国家对世界科学的贡献率。
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2 ]8 ~ E1 G! ^/ s 根据加权分数式计量，中国位列第二，仅次于美国。中国的 WFT 从 2013 年到 2014 年增长了 16%。自然指数显示，中国最主要的论文合作国家是美国、英国和德国。本地区位居前五的机构中，中科院的论文合作比例最低，北京大学最高。4 ?! j% ]1 ]9 O
, E# v/ ~6 x& ^2 Y" V# S 英国著名杂志《自然》是世界上最早的国际性科技期刊，也是国际最权威的科学杂志之一，自1869年创刊以来，《自然》杂志每年都会以前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。
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“自然出版指数”（NPI）是根据各科研机构与高校在《自然》和其他17本自然系列研究期刊上出版的文章数计算，常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。该指数每月更新一次，记录过去12个月内发表的文章数据。# P1 p, _. \& s: M# S" M# F
( V3 F8 g! s- J; X/ G0 K# E- { NPI依据的18本期刊如下：
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) y2 D: t$ }; c4 L+ f: @0 Y8 Y( i Nature
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Nature Geoscience
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Nature Materials) a, P* z: |8 T
0 b+ ~8 y6 q8 d Nature Methods- U! O- G: X4 ^6 e+ I
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8 h+ |5 `! k: ?+ o3 R" ^. u
Nature Structural & Molecular Biology# h1 G! |: R6 J. S8 f; r- o( D
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而“自然指数”（NI）是衡量国家与科研单位（大学）科研水平的新的指标，“自然指数”的依据是包括《自然》、《细胞》、《科学》在内的68家期刊。 68家期刊，是因为Nature集团基于学界的评价，把它们看成是科学界各学科最好的学术期刊，有人甚至认为，没有在这些期刊经常发表文章，就等于远离前沿，而且对你单位的学术影响力（“自然指数”）亦就没有贡献。2 v+ s2 g$ ~: S; z/ P7 ]1 u
: ^. Z/ R( W( A& H NI依据的68本期刊如下：
2 F- V5 ]( w7 f# q& ~; R$ q5 N3 s& q$ G$ r/ v
Advanced Materials6 Z' G" U( {0 g- s. x7 M! `2 z4 r& E
0 W2 K( b$ l( Y0 l& ]- U' F
American Journal of Human Genetics
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: r& j6 ^ `$ v5 h% b; g Applied Physics Letters
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Astronomy & Astrophysics% u9 Q' z) I! N# O3 ~" I
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6 h& C- C4 d( v: F% O
Cell（《细胞》）- G: t. U r- r: c+ c9 a3 Q& j- c4 A
N; v4 D; O2 q2 Q4 {! c
Cell Host & Microbe" s3 s. Q/ ]! S. {9 _1 \+ E
0 B+ H; F" H$ h# N5 s0 A2 K Cell Metabolism* Y- Y( _" J9 j$ e/ Y' c) _
4 x5 W: V/ n. f v9 }! @4 S! _- m
Cell Stem Cell
4 p7 v4 s$ c1 x- r. b
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1 b9 U' P) D2 r8 r9 b% V" G! R) v* a# C5 F
Developmental Cell$ o; B% D( l' d
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Ecology Letters# Z* n& S1 q9 T4 M1 x! o, Z
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. w7 B# e: l* ?
Journal of Cell Biology
" X: P) h$ O9 N, J% g G+ G0 |) F0 w9 e5 r: s: \
Journal of Clinical Investigation5 S. {: R) Y" F- S# `
! {* R3 b# [3 b% ~! r$ h0 M
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Journal of Geophysical Research: Solid Earth
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4 B& {8 p$ F6 H6 c8 F9 }% c Nature Cell Biology% f: c' Z3 z3 t/ g
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3 |% B8 p) V0 C. ] Nature Immunology$ _* R& \2 g E/ P& F; R& {
& x3 B2 |7 p% M% u. ]2 }" A Nature Materials+ I6 O% \6 O7 T3 i
; L" c% r3 M" K% w: T- Z Nature Medicine
2 C7 F7 O: u0 h7 Z+ f; B$ e/ f2 c, t
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Nature Structural & Molecular Biology- ^ k. P+ V' {4 L
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Neuron( W, k" G2 l8 u( i9 E+ c8 V0 j
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The Astrophysical Journal Letters
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