2015年6月18日，《自然》杂志发布2015年全球自然指数（2015 Nature Index）。此次发布的2015全球自然指数涵盖了2014年1月1日至12月31日发表在68种世界一流科研期刊上的57501篇论文。其中，中国科学院仍然是自然指数中位列全球第一的科研机构。0 u6 c+ e- I4 q1 n
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消息一出，不少人对此产生质疑。因为根据“自然”网站公布的2013年的自然出版指数（NPI）显示，中国科学院位列全球第六，相关计数值（CC，corrected count）不到哈佛大学的一半。仅仅一年，中科院就远远超越了哈佛大学，稳居世界第一，这的确让人有点匪夷所思。
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! G* k5 B5 c2 v 对此，观察者网进行了查询，原来在2014年，《自然》杂志对这一指数进行了修正。《自然》杂志将统计指数名称从NPI（nature publishing index，自然出版指数）改成了NI（nature index，自然指数）。统计的收录论文的期刊也从18本扩展到了68本。
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2014年12月，《自然》杂志首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数（Nature Index），对2013年的相关数据重新进行统计。结果，在全球前200名科研机构中，中国科学院自然指数排名第一。
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由于，中科院在《自然》杂志上发表的文章较少，但在其他杂志上发表了不少论文。因此在NPI排名中的位次较低。在对指数进行修正以后，中科院的排名大大提升。
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8 G! p' M$ d3 _7 Y; l7 E 根据“加权分值计数法”，若每篇科学论文的作者数为N，则将每一位作者对该篇论文的贡献记作“1/N”分，而不是都记为“1”分，同时考虑了不同学科之间的权衡问题，将学科优势和研究成果纳入分析中，因此更能反映一个作者、机构和国家对世界科学的贡献率。8 h# ~9 }& C3 ]# R ^8 j( \
1 y2 S" A* R# G. ^. U" k 根据加权分数式计量，中国位列第二，仅次于美国。中国的 WFT 从 2013 年到 2014 年增长了 16%。自然指数显示，中国最主要的论文合作国家是美国、英国和德国。本地区位居前五的机构中，中科院的论文合作比例最低，北京大学最高。: z/ s* h+ [% M ]5 H/ S
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英国著名杂志《自然》是世界上最早的国际性科技期刊，也是国际最权威的科学杂志之一，自1869年创刊以来，《自然》杂志每年都会以前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。3 f& u' k. s- q2 `1 y( @
5 Z; v5 s% K# F" U0 `6 V “自然出版指数”（NPI）是根据各科研机构与高校在《自然》和其他17本自然系列研究期刊上出版的文章数计算，常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。该指数每月更新一次，记录过去12个月内发表的文章数据。
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8 d4 z+ h' `* E2 F$ d8 b k NPI依据的18本期刊如下：
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* e7 Q' n5 ^0 _' u2 ^ Nature/ F; X' A# r: a" y% t! E, [1 T6 o
7 E8 j0 M$ n0 u2 T1 e
Nature Biotechnology
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Nature Cell Biology7 O) V) w4 ^$ J1 O3 v/ E! `
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Nature Climate Change0 b) D$ M* F5 g$ u" ~- A
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Nature Genetics
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Nature Materials% q/ n1 S/ Q; h! r( ~& e9 Z
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* ~4 J; n; w( R4 a# h- G Nature Neuroscience
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Nature Physics0 F* @# c: E: Y3 b8 ^3 l
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Nature Structural & Molecular Biology7 s' y3 d9 U% b
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而“自然指数”（NI）是衡量国家与科研单位（大学）科研水平的新的指标，“自然指数”的依据是包括《自然》、《细胞》、《科学》在内的68家期刊。 68家期刊，是因为Nature集团基于学界的评价，把它们看成是科学界各学科最好的学术期刊，有人甚至认为，没有在这些期刊经常发表文章，就等于远离前沿，而且对你单位的学术影响力（“自然指数”）亦就没有贡献。
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, J. ?+ Y$ |8 y9 v% E) K NI依据的68本期刊如下：; Y& R1 @/ L# l ~& b
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Advanced Materials* Z, B! O) ]) v
b" L* ~5 R0 S9 m' t American Journal of Human Genetics8 f9 ~: u9 S3 X/ C$ K: t4 z
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Analytical Chemistry
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Angewandte Chemie International Edition3 i/ u6 s0 ~! D9 T% T& v4 f1 a
0 W) w( J, y# y8 q `* u9 d- ^ Applied Physics Letters" S5 N! `4 V, ?4 L" w% S( l0 D
6 Z: z7 G6 z3 M( R
Astronomy & Astrophysics
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Cell（《细胞》）
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6 G' t/ U& j3 B2 p7 F4 w- w0 U% U7 v; x
Cell Stem Cell7 f& t" e1 b+ R
* k0 t9 R' h v7 n# F0 t
Chemical Communications
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Chemical Science
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* V* }6 v. m5 e# ]" h; } h Current Biology8 q4 p! @7 ~7 c0 S2 b3 k
3 M' n, I5 c! H% w' v& x% S
Developmental Cell
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Earth and Planetary Science Letters2 `" }' K1 X7 k9 z7 O0 Y
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Ecology
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( P8 P% K- E3 Y) D/ X Ecology Letters+ n/ [. W. y7 x' @
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European Physical Journal C9 n% n) S, R" R; p
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Genes & Development
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Genome Research
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+ b T; h; Z# f Geology
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Immunity
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Inorganic Chemistry
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8 F% b: k W, E9 D. r1 ]) a Journal of Biological Chemistry1 e ~; \; ~0 D5 J: l! w
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Journal of Cell Biology9 Z+ y9 [% w# y/ n3 e. s/ `
8 v: X; Z4 T2 d: b. V
Journal of Clinical Investigation
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Journal of Geophysical Research: Atmospheres
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Journal of Geophysical Research: Oceans
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' q T* q8 p; ?9 y, @4 f Journal of Geophysical Research: Solid Earth8 y; e, }. Y% q+ \7 s( p
: f4 ^5 }. z8 i) W Journal of High Energy Physics
5 S( B: L+ h; x4 b- Q* c1 N. S
6 b2 S* {& f7 h1 P& f9 F8 E Journal of Neuroscience2 K9 _1 l0 Q1 c( {
+ R. ^/ Y5 t7 L" P2 N' J* o Journal of the American Chemical Society
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Molecular Cell; u$ {+ ?% m! e( e
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. k4 l( w$ \( M8 t; O4 d Nano Letters+ N! A. m; L$ M+ r ?# T. f2 y
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Nature Biotechnology
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Nature Cell Biology
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Nature Chemical Biology( Q8 [6 B* m/ \# U9 L n) e
- y7 V6 p3 S% ?2 S& e% c Nature Chemistry
, Z7 |% p9 ^2 y' ^0 O: q6 M3 Y+ Y, z" J4 Z3 ~
Nature Communications
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" y% H8 A0 l4 H2 T$ A Nature Genetics0 P& ~3 R' M p& ~% Z( V9 @
3 o5 t" N8 L% a4 r( s2 C7 |. u' ] Nature Geoscience
! b( C _7 q4 m! f! z2 D- j/ Y8 s
' d1 p# c6 F/ k- s+ v% ]7 F Nature Immunology
6 n, Q& h& H- C
+ ^% m* i+ Y! a. v; { k, T/ i Nature Materials
. H0 g7 d( ~' `0 m& {& P# D% L) }! A4 ~5 Y: `* f. T5 v0 P
Nature Medicine2 b. c4 R$ [$ h! A1 m' }: Y
6 n3 E% l0 ^" }4 {! H2 v Nature Methods
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% _9 x! X8 [( q( x; x2 I2 ?5 K Nature Nanotechnology& ?, A' `$ n; m
- k _4 K3 O* [7 |# n v& C
Nature Neuroscience
' }" g; H" q1 ]( ]+ h% d* {# n, m
Nature Photonics
/ `% }5 A; n: v& U* t U' N! T* D" o2 @3 E3 b
Nature Physics
* f4 M j& a3 f O6 f6 w O6 b+ z1 t1 @7 v. i9 j: H& G7 z
Nature Structural & Molecular Biology! g$ V; m% A4 B0 z# D) U
* {1 Q7 Z1 P9 w- X* A# Y
Neuron
6 c' w) M' U' E3 s* Q: K+ J! K2 N* L, C2 q/ {1 W
Organic Letters( e, |2 B# I- U2 U' O
5 S* v0 Y" m2 i PLOS Biology2 M; u& _% X7 C( {% V
+ s- Z! N/ ?0 N, b) g X$ N* Y Physical Review A
- V i2 G. {0 ]/ j! H/ I
' D+ { _: X" y/ {" `* V+ y4 I Physical Review B
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Physical Review D3 T- h8 R7 h4 r) H4 i0 s
9 z9 n5 n3 _4 C: Y6 A! n0 ] Physical Review Letters
# b1 s8 Y+ Z2 M5 Y6 f$ ?; y
+ \- ?' o3 v0 F$ _) b5 C! W8 o Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America+ O k9 D* b' Y7 c2 j) w
" ^9 A$ V( r: o7 B4 ]1 W Proceedings of the Royal Society B: M8 B B4 W2 o R" W, x. B$ J
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Science （《科学》）
! Q# r! @8 R& z2 o+ Z8 S% b* b0 ?' ^. j5 G0 T
The Astrophysical Journal
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The Astrophysical Journal Letters$ Y; f6 T O4 d, F6 S$ H }
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The Astrophysical Journal Supplement7 c/ f" |4 B0 k. i0 M4 K1 S8 v
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The Journal of Physical Chemistry Letters+ a; e& H2 G8 _2 w# U
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