2015年6月18日，《自然》杂志发布2015年全球自然指数（2015 Nature Index）。此次发布的2015全球自然指数涵盖了2014年1月1日至12月31日发表在68种世界一流科研期刊上的57501篇论文。其中，中国科学院仍然是自然指数中位列全球第一的科研机构。% H, n$ x+ e9 E6 L; X
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消息一出，不少人对此产生质疑。因为根据“自然”网站公布的2013年的自然出版指数（NPI）显示，中国科学院位列全球第六，相关计数值（CC，corrected count）不到哈佛大学的一半。仅仅一年，中科院就远远超越了哈佛大学，稳居世界第一，这的确让人有点匪夷所思。% [% m8 }& N$ k: {
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对此，观察者网进行了查询，原来在2014年，《自然》杂志对这一指数进行了修正。《自然》杂志将统计指数名称从NPI（nature publishing index，自然出版指数）改成了NI（nature index，自然指数）。统计的收录论文的期刊也从18本扩展到了68本。
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2014年12月，《自然》杂志首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数（Nature Index），对2013年的相关数据重新进行统计。结果，在全球前200名科研机构中，中国科学院自然指数排名第一。
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" x4 p( W4 q( v; V6 K 由于，中科院在《自然》杂志上发表的文章较少，但在其他杂志上发表了不少论文。因此在NPI排名中的位次较低。在对指数进行修正以后，中科院的排名大大提升。
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8 ~" D+ `. Y5 t7 x2 h 根据“加权分值计数法”，若每篇科学论文的作者数为N，则将每一位作者对该篇论文的贡献记作“1/N”分，而不是都记为“1”分，同时考虑了不同学科之间的权衡问题，将学科优势和研究成果纳入分析中，因此更能反映一个作者、机构和国家对世界科学的贡献率。5 n+ B8 ^# H5 L: f" A
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根据加权分数式计量，中国位列第二，仅次于美国。中国的 WFT 从 2013 年到 2014 年增长了 16%。自然指数显示，中国最主要的论文合作国家是美国、英国和德国。本地区位居前五的机构中，中科院的论文合作比例最低，北京大学最高。
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: |7 E2 y2 q" Q3 n! w 英国著名杂志《自然》是世界上最早的国际性科技期刊，也是国际最权威的科学杂志之一，自1869年创刊以来，《自然》杂志每年都会以前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。
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“自然出版指数”（NPI）是根据各科研机构与高校在《自然》和其他17本自然系列研究期刊上出版的文章数计算，常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。该指数每月更新一次，记录过去12个月内发表的文章数据。
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2 Q5 d* z& J1 v2 d! |+ I NPI依据的18本期刊如下：
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2 l; q* D9 [* W. u7 M. y$ L5 A Nature
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Nature Biotechnology
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Nature Chemistry
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Nature Chemical Biology
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Nature Climate Change9 Z- E4 G* P# {4 k
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Nature Communications
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Nature Genetics
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Nature Geoscience/ x$ ?, r5 C% _: M, T
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Nature Immunology, @* B4 z1 u9 k+ Q, _7 `2 P, x+ u" l
1 s! g) S6 y4 \, y" J Nature Medicine# Q7 N, ~0 M! k! U0 H
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Nature Neuroscience* H! w1 |; |) ], N" D
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Nature Nanotechnology
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Nature Photonics/ }6 e1 W3 u( r' I: _
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Nature Structural & Molecular Biology3 L, |- p" i N; c' L. C
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而“自然指数”（NI）是衡量国家与科研单位（大学）科研水平的新的指标，“自然指数”的依据是包括《自然》、《细胞》、《科学》在内的68家期刊。 68家期刊，是因为Nature集团基于学界的评价，把它们看成是科学界各学科最好的学术期刊，有人甚至认为，没有在这些期刊经常发表文章，就等于远离前沿，而且对你单位的学术影响力（“自然指数”）亦就没有贡献。
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NI依据的68本期刊如下：
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Advanced Materials5 g4 P4 W9 I( W7 A7 P" F
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American Journal of Human Genetics( N2 t$ D& L9 N! [$ r! [3 \9 x
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6 _/ H( Q6 J( q j, k Angewandte Chemie International Edition* h2 n% F, G) f7 R6 |
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3 f, u/ T, H7 n* a2 x( R: D. L# z' J2 H) |$ r- c
Astronomy & Astrophysics
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Cell Stem Cell+ h# g( b/ g; q* W. ], `( J/ [1 O; h
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Chemical Science
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Current Biology
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5 P9 M, _, y: `& R! I Ecology
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Genes & Development: p4 V5 Q8 \8 F
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Geology
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Inorganic Chemistry
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Journal of Clinical Investigation4 @' \% p+ c( j" o1 x1 F
9 _: V. k+ o# f* k' h c' Q! M
Journal of Geophysical Research: Atmospheres
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Journal of Geophysical Research: Oceans' V; x& w6 V* ^0 B# \! R+ f
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) A- a. }6 d5 ^! u; U Journal of High Energy Physics0 s2 \) z( I* F5 _" W
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Journal of Neuroscience3 w( R% n# M4 B. c- Q: j, M i) U) w$ m
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Molecular Cell0 M& k) s% {4 `) l
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Monthly Notices of the Royal Astronomical Society
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Nature Biotechnology
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Nature Chemical Biology" W6 `; T& Y% z" w# z( l
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Nature Chemistry
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Nature Geoscience: ?* T' @* e& E; W1 E0 |
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* E3 M2 X' C6 o* [3 G4 [! r) Q- @3 O
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Nature Medicine9 W3 `1 c$ ^9 \ W
8 H! Z$ H( D4 N$ }1 z7 o% R( J Nature Methods! e6 o& ?# H; Y& S8 D2 T; r7 [
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Nature Neuroscience$ r% s2 J7 F5 R8 B# I/ N6 I) C7 a
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Organic Letters0 O r* {& L2 Q( \+ ]* a/ E( S
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Physical Review A
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- J: W5 `& p3 z: h8 e( | Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
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Science （《科学》）& O5 F6 t+ @8 b2 e1 J4 X6 I
5 j' u. T8 N% \' g
The Astrophysical Journal: ~/ H$ _) V& ]9 V: L
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The Astrophysical Journal Letters
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