2015年6月18日，《自然》杂志发布2015年全球自然指数（2015 Nature Index）。此次发布的2015全球自然指数涵盖了2014年1月1日至12月31日发表在68种世界一流科研期刊上的57501篇论文。其中，中国科学院仍然是自然指数中位列全球第一的科研机构。
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+ V& G0 f7 i# ?: T 消息一出，不少人对此产生质疑。因为根据“自然”网站公布的2013年的自然出版指数（NPI）显示，中国科学院位列全球第六，相关计数值（CC，corrected count）不到哈佛大学的一半。仅仅一年，中科院就远远超越了哈佛大学，稳居世界第一，这的确让人有点匪夷所思。
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对此，观察者网进行了查询，原来在2014年，《自然》杂志对这一指数进行了修正。《自然》杂志将统计指数名称从NPI（nature publishing index，自然出版指数）改成了NI（nature index，自然指数）。统计的收录论文的期刊也从18本扩展到了68本。
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2014年12月，《自然》杂志首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数（Nature Index），对2013年的相关数据重新进行统计。结果，在全球前200名科研机构中，中国科学院自然指数排名第一。. A3 V2 g0 m: P+ {3 q
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. E3 \5 l; E+ w2 t* q 由于，中科院在《自然》杂志上发表的文章较少，但在其他杂志上发表了不少论文。因此在NPI排名中的位次较低。在对指数进行修正以后，中科院的排名大大提升。
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根据“加权分值计数法”，若每篇科学论文的作者数为N，则将每一位作者对该篇论文的贡献记作“1/N”分，而不是都记为“1”分，同时考虑了不同学科之间的权衡问题，将学科优势和研究成果纳入分析中，因此更能反映一个作者、机构和国家对世界科学的贡献率。
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根据加权分数式计量，中国位列第二，仅次于美国。中国的 WFT 从 2013 年到 2014 年增长了 16%。自然指数显示，中国最主要的论文合作国家是美国、英国和德国。本地区位居前五的机构中，中科院的论文合作比例最低，北京大学最高。
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英国著名杂志《自然》是世界上最早的国际性科技期刊，也是国际最权威的科学杂志之一，自1869年创刊以来，《自然》杂志每年都会以前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。" i9 q5 t6 T3 }8 X; l; q9 v3 G8 u
' C% k1 @/ M& r8 }+ O* ~
“自然出版指数”（NPI）是根据各科研机构与高校在《自然》和其他17本自然系列研究期刊上出版的文章数计算，常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。该指数每月更新一次，记录过去12个月内发表的文章数据。* H9 e) w6 |0 G
: l* h6 I3 d T' w NPI依据的18本期刊如下：
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Nature
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Nature Biotechnology
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' a* F, r- X2 S R& T
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Nature Climate Change
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Nature Communications
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Nature Genetics
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Nature Geoscience4 S+ r) J* g# ^& P6 d! y. m
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Nature Immunology
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6 [1 I- G# a& M4 C Nature Medicine0 C5 a8 h: [+ P8 `
0 m, v/ B3 e) E: G Nature Materials* j6 }8 J+ l G
! k0 D% c: Y: K+ m8 m Nature Methods! V; g" f" X, F# I
# J# L& y( e, R Nature Neuroscience0 A/ k3 Q3 @8 {" |0 }
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Nature Nanotechnology6 a4 S" a9 K* Q; k; P" `' {
* c9 p/ T) r$ K% a: Q: q4 S
Nature Photonics( g( }! H# W( s* a W
& W1 N& ?# L2 n8 Q% c4 X( @2 d Nature Physics" B3 A) I7 r; d
" @$ Z/ X: @, X. U( v
Nature Structural & Molecular Biology
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5 ~2 j! o3 h6 Y( b" ^/ k4 ^ 而“自然指数”（NI）是衡量国家与科研单位（大学）科研水平的新的指标，“自然指数”的依据是包括《自然》、《细胞》、《科学》在内的68家期刊。 68家期刊，是因为Nature集团基于学界的评价，把它们看成是科学界各学科最好的学术期刊，有人甚至认为，没有在这些期刊经常发表文章，就等于远离前沿，而且对你单位的学术影响力（“自然指数”）亦就没有贡献。
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NI依据的68本期刊如下：
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( C ]. |# e% l/ R4 Z6 d
# _8 d9 I! `1 b. q0 k Angewandte Chemie International Edition
& k% j Z8 s) X0 |9 `' X4 p8 [ Z$ Z
Applied Physics Letters
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Astronomy & Astrophysics
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Cancer Cell! `' w& ?" g1 M# j7 h H* S
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Cell Host & Microbe( X' D0 M. E$ Q0 D1 @9 z
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Cell Metabolism
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Developmental Cell
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Earth and Planetary Science Letters. M# U# @8 W$ k
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Ecology Letters
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Nature Materials
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The EMBO Journal5 R( e1 B1 `: ?4 Q
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The Journal of Physical Chemistry Letters0 W0 Y# R7 A& B1 y" G, k: L
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